Năm 349, sau cái chết của hoàng đế Thạch Hổ của nước Hậu Triệu kình địch, Hậu Triệu rơi vào nội chiến giữa các hoàng tử và cháu trai nuôi Thạch Mẫn (sau này cải thành họ gốc của cha đẻ là "Nhiễm"). Theo đề nghị của Mộ Dung Bá (lúc này đã đổi tên thành Mộ Dung Thùy), Mộ Dung Tuấn đã chuẩn bị cho việc bành trướng lãnh thổ sang Hậu Triệu.Ông cử Mộ Dung Khác, Mộ Dung Bình, Dương Vụ (陽鶩), và Mộ Dung Thùy làm các đại tướng, chuẩn bị cho một cuộc tấn công lớn nhắm vào vùng biên giới với Hậu Triệu.

Vào mùa xuân năm 350, Mộ Dung Tuấn bắt đầu tấn công, và quân Tiền Yên nhanh chóng chiếm được Kế Thành (薊城, nay thuộc Bắc Kinh). Mộ Dung Tuấn sau đó dời đô từ Long Thành (龍城, nay thuộc Cẩm Châu, Liêu Ninh) đến Kế Thành. Như vậy, toàn bộ U Châu (幽州, nay là Bắc Kinh, Thiên Tân và bắc bộ Hà Bắc) trở thành đất của Tiền Yên. Ông sau đó tiếp tục tiến về phía nam, song đã phải tạm thời dừng lại sau khi gần như bị tướng Hậu Triệu là Lộc Bột Tảo (鹿勃早) đánh bại.

Mộ Dung Tuấn tiếp tục chiến dịch bành trướng của mình vào mùa đông năm 350, Nhiễm Mẫn nay đã lập ra nước Nhiễm Ngụy, đang phải chiến đấu với tàn quân Hậu Triệu của Thạch Chi. Ông ta nhanh chóng chiếm được một số quận của Ký Châu (冀州, nay là trung bộ Hà Bắc), đánh đến kinh thành tạm thời của Thạch Chi ở Tương Quốc (襄國, nay thuộc Tân Thái, Hà Bắc). Thạch Chi phải chịu đựng các cuộc tấn công của Nhiễm Mẫn, đã tìm kiếm sự hỗ trợ của Mộ Dung Tuấn vào năm 351. Mộ Dung Tuấn cử tướng Duyệt Oản (悅綰) đến hội quân cùng Thạch Chi và tướng Diêu Tương (姚襄), và liên quân này đã làm cho Nhiễm Mẫn đại bại, buộc Nhiễm Mẫn phải bỏ việc bao vây Tương Quốc, mặc dù vậy, ngay sau đó Nhiễm Mẫ đã thuyết phục được tướng của Thạch Chi là Lưu Hiển (劉顯) giết chết chúa công, Hậu Triệu diệt vong.

Hè năm 352, quân của Mộ Dung Tuấn và Nhiễm Mẫn đánh một trận lớn. Mộ Dung Khác, chỉ huy đại quân của Mộ Dung Tuấn, đã lừa bộ binh của Nhiễm Mẫn đi vào vùng bình nguyên, sau đó dùng kị binh tiến đánh, khiến cho Nhiễm Mẫn phải đại bại. Trong trận chiến, ngựa của Nhiễm Mẫm đột nhiên chết, ông ta ngã xuống và bị bắt. Khi Nhiễm Mẫn (người Hán) được đưa đến trước mặt Mộ Dung Tuấn, ông ta đã xúc phạm Mộ Dung Tuấn là một tên người Hồ man di, và Mộ Dung Tuấn trong cơn giận đã dùng roi quất Nhiễm Mẫn và cho chặt đầu, mặc dù ngay sau đó ông đã e sợ về linh hồn của Nhiễm Mẫn và quyết định cho chôn cất Nhiễm Mẫn với nghi thức vinh dự.

Mộ Dung Tuấn sau đó tiến đánh kinh thành Nhiễm Ngụy là Nghiệp Thành (鄴城, nay thuộc Hàm Đan, Hà Bắc). Thái tử Nhiễm Ngụy là Nhiễm Trí, Đổng Hoàng hậu, và các đại thần tìm kiếm sợ trợ giúp từ nhà Tấn.

Tại thời điểm này, Mộ Dung Tuấn trên danh nghĩa vẫn là chư hầu của nhà Tấn, song rõ ràng là nước này không tiếp tục khuất phục trước Tấn. Tuy vậy, ngay cả với sự trợ giúp của Tấn, tuyến phòng thủ của Nghiệp Thành nhanh chóng bị chọc thủng, quân Tiền Yên đã bắt được Nhiễm Chí và Đổng Hoàng hậu, Nhiễm Ngụy diệt vong. Mộ Dung Tuấn phong cho cả Nhiễm Trí và Đổng Hoàng hậu (Hải Tân hầu cho Nhiễm Trí, Phụng Tỉ quân cho Đổng Hoàng hậu) và dường như đối đãi tốt với họ, tuyên bố rằng Đổng Hoàng hậu đã dâng quốc ấn cho ông. (Trên thực tế, quốc ấn ban đầu nằm trong tay nhà Tấn cho đến khi bị Hán Triệu đoạt lấy và rồi sau sang tay Hậu Triệu, Hậu Triệu đã đưa nó cho nhà Tấn để làm tin cho việc nhà Tấn hỗ trợ.) Hầu hết lãnh thổ phía đông của Hậu Triệu nằm trong tay Tiền Yên, mặc dù Tiền Yên, Tiền Tần, và Tấn đã tiến hàng nhiều trận đánh ở vùng biên giới trong các năm sau đó.

Mùa đông năm 352, Mộ Dung Tuấn chính thức tuyên bố độc lập từ Tấn và xưng đế.